Jakten på bevis
Hansen hadde brukt det omfattende tallmaterialet fra lepraregisteret til å argumentere for sin hypotese om at lepra var en smittsom sykdom, og ved hjelp av observasjon med mikroskop hadde han observert det han mente var bakterien som forårsaket dette. Men dette var etter mikrobiologiens regler ikke nok for å bevise smittsomhet.
Han klarte ikke å dyrke bakterien kunstig i glass. Forsøkene med å infisere kaniner med lepra slo også feil. Han bestemte seg da for å indusere sykdommen i en menneskelig vert. Eksperimenter på pasienter var ikke uvanlig i Hansens tid. Hansens tanke var å dyrke frem et tilfelle av knutete lepra i en pasient som hadde den glatte formen av sykdommen, fordi den ikke kunne være immun mot lepra. Han mente at det ville være bedre å gjøre dette på en pasient som allerede hadde sykdommen enn på en frisk forsøksperson. Han forventet at en eventuell knute i øyets bindehinne ville være raskt synlig og enkelt å operere bort.
Hansen valgte leprapasienten Kari Nilsdatter Spidsøen som forsøksperson. Hun hadde den glatte formen av lepra som gjorde henne egnet for formålet. Den 3. november 1879, over seks år etter han først så bakterien, kalte Hansen henne inn på sitt kontor på Pleiestiftelsen og informerte om at hun skulle få et mindre inngrep under det ene øyet. Til tross for protester tilførte han så leprøst materiale i bindehinnen under øyet hennes med en stærnål.
Spidsøen fikk en smertefull betennelse etter inngrepet, fryktet å miste synet, og klaget både til andre pasienter og presten på stiftelsen. Pasientene var allerede frustrerte ovenfor Hansen etter at han tidligere hadde begynt å obdusere avdøde pasienter regelmessig og uten samtykke, og Spidsøens historier førte til sinne og uro. Inngrepet førte derimot ikke til noen knute i øyet hennes. Eksperimentet var sånn sett mislykket, og ledet ikke til noe bevis. Hansen ble anklaget for legemsbeskadigelse eller kroppsskade.